異世界に転生したデータサイエンティストの玲（レイ）が手にしたのは、死者の残留思念を「データセット」として収集し、最強のエージェントを育成する禁忌の術——『魂の深層学習（Deep Soul Learning）』だった 。 戦場に転がる数万の屍は、彼にとっては宝の山。固有スキル『魂の統合開発環境（Soul IDE）』を駆使し、自作AI「EVE」やスケルトンの兵団を強化していく 。しかし、効率を極限まで追求する彼の演算は、やがて倫理を置き去りにしていく 。 一方、魂を神聖視する教団『ブラックボックス』は、世界のデコードを試みるレイを「猛毒のウイルス」と断定し、審問官（デバッガー）を差し向ける 。 「過学習（Overfitting）」によりノイズが混じり、崩壊（Decay）しつつある世界で、合理性を突き詰めたネクロマンサーが辿り着く「最適解」とは ？