冴島航は２１０５年の日本の首都に突然舞い降りる。記憶喪失で思い出せるのは名前だけ。混乱していると警報がなり、Ｄ災害発生のアナウンスが流れる。空間が歪み、大量のドラゴンが出現。何も出来ない航の前にアポカリプスのメンバー西之園玲奈が助ける。 　航はアポカリプスで保護。ドラグナーの能力があると判明しアポカリプスへ加入。能力の使い方を玲奈達に教わる。日本を守るためＤ災害の鎮圧任務にあたる。その最中、人型のドラゴン（竜人）と遭遇。日本政府と取引しているドラゴンがいると知る。航の中で眠るＤピリットで竜人をなんとか撃退。局長を問い詰めるも知らないと言われる。航が独自にアポカリプスの書庫を調べていると日本政府の機密文書を発見。ドラグナーが人工的に作られた存在、１０年前の実験で航が未来へ飛ばされたこと、そして実験の主導者は父であることを知る。 　航は中央機関に潜入し真相を確かめる。密談を聞き事実だと分かった。それどころか日本政府がドラゴンと共謀し、世界を支配しようとしているのを知った。誰も信用できなくなり航はアポカリプスから離脱、ひとりで計画を阻止しようとする。立ちはだかるアポカリプスのメンバー。逃げ回る最中に最強の竜人ベイナードが襲来。圧倒的な力の前に航は惨敗。 　好戦派のドラゴンが日本政府を滅ぼしに襲撃。アポカリプスのメンバーで迎撃でするも、遥彦が追い詰められる。そこへナンバーズというドラグナーが出現。襲撃に来たドラゴン達を一掃していく。その中でドラグナーは人工的に作られたと知らされる。 　あと一歩のところで、４大公爵のニーズヘッグムが参戦。アポカリプスメンバーの北条瑠璃がニーズヘッグムの娘だと判明する。ニーズヘッグムがナンバーズを瞬殺し、刃を瑠璃達アポカリプスメンバーへと向ける。そこへ死んだはずの航が戦場に参戦。玲奈、瑠璃とともにニーズヘッグムを押し返し日本の滅亡阻止した。