西暦２０４５年、富士山麓に建つ「陸上自衛隊戦略細菌兵器研究所」で致死率７０～８０％の殺人ウィルスである「ナイトメア」が極秘裏に完成した。当初はナイトメアウィルスは実用化はまだまだ先、下手したら破棄であった。 だがその前兆は、２０５０年に起きた。２０５０年１２月１０日、富士山が突如噴火。規模は中規模だったが、噴火による火山弾が研究所のナイトメアウィルス保管室に落下。直後溶岩流が施設を遅い、壊滅。政府はこれを封じようとしたが、既に遅かった……。 翌５１年２月、富士山麓の街である御殿場市で謎の病が流行。住民の半分が死亡する事件が起きた。更にその翌月にはアメリカ、ニューヨークで謎の病が流行する。ＷＨＯの研究員である川上泰美はこの謎の病原体の調査に乗り出す。すると、感染者の体内から未知のウィルスが検出されたのである。 そして翌月から始まる世界規模でのパンデミック（感染爆発）。果して人類の運命やいかに――。