魂と機兵が融合するとき、ヒーローは生まれる。 現代日本。 突如として空間の裂け目「歪曲球体」から現れる侵略体「開拓獣」により、人類は未知の脅威に晒されていた。 大学生 神谷悠真 は、豊洲のショッピングモールで開拓獣の襲撃に巻き込まれる。 絶体絶命のその瞬間、彼は一機の機体と出会う。 それは―― 魔導技術と機械技術を融合して作られた対侵略体兵器。 魂融合機兵ヴェスパー。 悠真の魂と融合することで起動するこの機体は、人類唯一の対抗手段だった。 異世界の研究者 リゼリア、 異世界研究組織 HIVE、 そして政府の対侵略体部隊 ARC。 国家規模の戦いの中で、悠真はヴェスパーとして戦うことになる。 しかし侵略体の背後には、 開拓獣を送り込む 異世界文明 が存在していた。 そしてついに現れる、人型の機械生命体―― ゼファル。 秋葉原を舞台に、人類と異世界文明の戦いは激化していく。 ネクタルレイ。 帰還ゲート。 歪曲球体。 そして決戦の末、世界は大きく変わる。 高濃度の魔導エネルギー 「マナ」 が地球へ流入し、 人類は新たな時代へと突入する――。 これは、 世界を守るために戦う 魂融合機兵ヴェスパーというヒーローの物語。