電野小学校に通う小学五年生彩羽マモルは、幼なじみで友達の中部ユウ、広井ナミと一緒に帰る途中、現代では起こりえない事故に遭遇する。 　そんな中、マモルの耳には不思議な声が聞こえてきていた。 　呼ばれた声に導かれてセキュと名乗る電子生命体と出会ったマモルは、同調変換し事故原因を止めるべく電脳空間に飛び込むのだった。