かつて北方領土と呼ばれた南クリル共和国から、幼い少年が羽田に向けて飛び立つ。糸葱嶺哉は年齢にそぐわない洞察力で、飛行機の危機を察知する。ハイジャック犯は浦安へ飛行機を飛ばすが、乗り合わせた保安局司令はそれを見越していた。閣僚からは旅客機撃墜の命が下る中、特殊機動隊が作戦行動に入る。事態は複雑な政治体制の深淵と、この時代に生き残った日本の禁じられた秘密に近付く。