軍事的な人工知能の高度な発達により争いは人工知能を搭載した無人兵同士を戦わせる電子戦争になっていた。電能官と呼ばれる無人兵を遠隔操作する専門兵と部隊が各国に作られている世界。その中でも脳内にアトラスシステムと呼ばれる超知能人格を持つ国家最高戦力の電能官神里美穂とその補佐官兼幼馴染の藤沢凛はある機密作戦と勃発していた第三次電子戦争鎮圧に多大な貢献をしたという褒美として国の支援の下、大人になるまで同棲生活をし電能官の任を降りることが許される。一つ屋根の下で戦いとは無縁の甘えん坊な人類最強の幼馴染との甘々同棲生活。