進学した高校に馴染めず姫野荒太が転校してきた高校にはダンジョンがあった。ダンジョンの中は一種の異世界で、魔法やトラップが存在し怪我を負っても血は流れずダメージエフェクトが現れるだけ――そんな不思議な空間で生徒たちは思い思いにクラブ活動を営んでいた。剣術を鍛えダンジョンに生息する魔物との戦闘を楽しむ者、広い空間を利用して陸上競技やスピードクライミング競技のトレーニングに打ち込む者、魔法を研究する者。工業製品の存在しないダンジョンで鍛冶屋を営み武器を造る者。 コウタは幼馴染みのひよりが細々と営む魔法道具同好会に所属し、ひよりのものづくりをサポートすべくダンゴムシのようなダンジョンの掃除屋、クロウラーを倒してドロップしたガラクタを集める。様々な部活の先輩に教わったテクニックを駆使してソロでダンジョン攻略を進めるコウタ。ある日、コウタは大量の砂を手に入れる。それは生産原料が枯渇し寂れる一方のダンジョンに新風を吹き込む恵みとなる。鍛冶屋のテツ先輩との知己を得てひよりは大好きなモノづくりに邁進する。生産系の活動が大好きな面々に囲まれて生き生きとするひよりに、役に立てたと喜びつつ疎外感を感じてしまうコウタ。そこにダンジョン運営に特別な使命をもって取り組んでいる生徒会が絡み、いつの間にかコウタは大きな渦の中心人物になっていく。そんな中、競泳プールでの事件の調査に駆り出されたコウタはこの学園のダンジョンの外側に、さらに広がる異世界空間があることを知る。コウタは開けることができないはずの岩に刻まれた彫刻の門をいつか開放することを誓い、さらなるダンジョンの深層に挑むのであった。