世界中に突如出現した人類に敵対的な知的生命体「魔女」。 魔女たちはその圧倒的な力により、人類は瞬く間に蹂躙されてしまう。そんな中、人類は撃破した魔女の体を解析し新兵器「魔術人形」を開発。 魔術人形の戦闘を指揮する「人形師《ドールマスター》」と共に彼女らは、押され続けていた戦線を一時的にだが押し返すことに成功した。 ――――――――――――――――――――――――――― 王国の人形師《ドールマスター》を育成する軍学校を首席で卒業した「ユフィリア・アストライア」は、高性能な魔術人形が集まる「第404特務小隊」に配属されることになった。 人形たちとの新しい生活に少しだけワクワクしていたユフィリアだったのだが、現地にいたのは周囲からおちこぼれと蔑まれる人形たちだった。 最初は彼女のことを警戒してた人形たちは、他とはちがって自分たちにやさしく接してくれる彼女に対して少しずつ心を開いていき…