15歳の春、可憐な少女のような、小柄な少年アルノは王都へと降り立った。王都では魔石を動力とする魔道具、通称マギアが生活の必需品。 アルノは祖父から受け継いだマギア作りの『魔法陣刻印技術（ルーン・ステッチ）』を王都で花開かせるため、王立グラン・フォリア魔導学園へと入学する。 高魔力量・高魔力出力の双方を併せ持つことが絶対の正義とされるこの世界。しかし入学時の測定で、アルノは魔力出力が測定下限の0.01を叩き出してしまう！ これは、落ちこぼれの吹き溜まりと嘲笑されたDクラスの四人が、欠陥を最大の武器に変え、最強のチームとして学園を成り上がる3年間の成長の物語。