魔力を持つ者と、まったく持たずに生まれた者が共存する世界《マギクス》。 その中心にはヌクレウス島があり、周囲を七つの島が取り囲んでいる。 魔力を持たずに生まれた少年ニャンピンガ・イントワーリは、小島のブリンディア村で家族や仲間と穏やかに暮らしていた。しかしある日、魔王軍の襲撃によって村は壊滅し、彼は大切な人々をすべて失ってしまう。 絶望の中で彼を救ったのは、魔法騎士団《エクエス・マギカエ》の団長リーベ・フライハイトだった。 ニャンピンガは家族の仇を討つため、そして命を救ってくれたリーベに報いるため、魔法騎士団への入団を決意する。 国王カウワード・アロガンスから与えられた任務は、七つの島に散らばる強大な魔力を持つ石“魔法石”の回収。魔力を持たないニャンピンガは、同期の優れた魔導士のネモ・フィクティオとパートナーを組み、魔王軍も狙う魔法石の争奪戦へと挑む。