人口消滅を防ぐために建設された、巨大な要塞都市「公立東京統一学校」。「セクションA」で貴族のごとき生活を謳歌していた神崎悠星（かんざき ゆうせい）は、ある日、生徒会長・桜木蓮（さくらぎ れん）の策略により、「セクションE」への潜入を命じられる。 親の不正によって築かれた偽りの楽園が崩れ去った場所で、悠星が目にしたのは、学校を設計しながらも「奴隷」へと成り下がった天才たちの惨酷な実態だった。 亡き兄の死に隠された醜悪な真実を知った彼は、自分を縛り付けていた「法と秩序」を武器に、偽りのユートピアを壊滅させるための巨大な反逆を開始する。