20XX年… とある実験によって生まれた最強の子供達。 CODE-child（コードチャイルド） 人体の全てがCODEで作られており、そのCODEは誰も知らない。 なので攻撃すら受け付けず、自らコード構成された武器を作り出す事も可能。 そんな無限の可能性を秘めた三人の若者。 だが、意思を持った時には機械の様に扱われ、名前を持たなかった三人は能力を駆使して施設を逃げ出す。 それから10年の月日が経ち、三人はどんな時も一緒だった。 お互いを、 アキ（Code-001） ナノ（Code-002） マル（Code-003） と呼び合う三人は人間として生きて居た。 だが、ある事件から再び彼らは大人達に道具として扱われる。 そして生きる為という理由の為、戦い続けて行くのだが… 彼らを利用する大人達。 彼らを追う謎の軍勢。 彼らのCodeの謎。 全てが絡み合い、彼らは戦いへと続く道を駆け上がる。 その先に待つのは絶望か。 それとも、希望か。