「神道」――祀ろえば何でも神になる教えだ。 果たしてそれは迷信ではなく事象として存在し、人々は種族の垣根を越えた心温まる関係を構築していた。 そも、神には実体がないからこそ人々は神の恩恵をありがたみ、喜んで享受したのだ。 しかし、一部の人間が己の中に神を取り込む契約を結ぼうと考え、結果的に成功する。結果、神を思うがまま操れるようになり、この者たちは畏怖と尊敬を込めて「神操者」と称され、彼らが顕す「奇跡」を「神術」と呼んだ。 時は過ぎ、皇都・京で開講されていた「学修院」高等学校が高度な西洋教育に合わせて修練に力を注いでいた――舞台は、東西にそれぞれ分断された、聖暦二〇三〇年の元・日本。東側の、古来からの伝統を受け継ぐ正統派・ヤマト国に住む、オケノ・セイは、ある朝、魔物に襲撃される。魔物はどうやら西、新しい価値観を打ち出した・ムサシから来たものらしかった。 二つの国は、明治維新の際、特別な「壁」によって完全に分断されていたにもかかわらず、突然の侵入者が現れたことでヤマトに激震が走ることを恐れた、担任のオオミヤが伏せることを決意。セイも、従姉のユイナたちと共に、神の力を操る学校、神学校・学修院で切磋琢磨の日々を過ごした。 だが、今度はセイたちが演習中に訪れた、国境警備隊の死体が発見され、魔導士・ムサシの侵攻が明らかになり、不穏な雰囲気が漂い始める。 また、学修院内でも、侵入者による襲撃が発生し、知り合いの中でも死人が出る騒ぎとなり、世間に伏せることはできなくなってしまう。 さらには、学修院内で誰が犯人かという憶測が出、セイは翻弄されてしまう。 そして、操られ裏切った仲間たちとの激闘の末、辿り着いたのは――結局――犯人は、終始自作自演をしていたセイの友人、サナイ・ツツジだった。 友人たちに罪をなすりつけていたため、セイは全身全霊を持ってこれに対抗し、見事潰すことに成功、ヤマトの平和は保たれたのだった。