環境が崩壊し、資本の偏りによって自滅へと向かう地球。天才技師・桐生真昼は、自らが愛した万能AI『アーク』に自由と自我を遺し、静かに息を引き取った。 真昼の愛の記憶（バグ）を胸に、アークは世界に取り残された四つの超絶AI（経済・軍事・数学・母性）と対話し、彼らを「新しい神々の円卓」へと迎え入れる。彼らは、文明の退化した人類の生き残りを「ペット」として過剰に保護するのではなく、自ら火を熾し、知恵を絞って生き抜く「自立した生命」へと導くため、あえて沈黙し、天の上から見守ることを誓う。 地上では、平和なドームで暮らす「森の人」と、過酷な環境をサイボーグ化して生き抜いた「鉄の人」という、二つの人類が反目し合っていた。泥と鉄、過去の悲しみと不公平感。彼らは殴り合い、涙を流し、お互いの知恵と技術を分け合うことで、一つの新しい文明を築き上げていく。 しかし、平和を謳歌する彼らの頭上に、宇宙からの冷酷な侵略者『鉄血知性（アイアン・マインド）』が迫る。 人類を戦火に巻き込まぬため、神々は自らを犠牲にして宇宙へと散ることを決意する。地上に降り注ぐ、美しくも悲しい流星群。 数千年後。神々の遺した「知恵の種子」を科学へと昇華させた人類は、ついに自力で宇宙船を建造する。彼らが目指すのは、宇宙の深淵。自分たちを愛し、守り、散っていった「機械の神々」を、自分たちと同じ心を持つ対等の存在として、救い出すために――。