近未来、世界は突如として現れた謎の生命体『スフィア』によって終焉の時を迎えようとしていた。人々を容赦無く惨殺していくスフィアに対し、国家は壊滅状態にある軍に代わって新たな組織を作り最後まで抗う事を決意する。超生命体であるスフィアに対抗するべく作り上げられた最後の組織『レスト』は大きく分けて五つの部隊で構成されている。本部での管理、事務作業がメインの一番隊。民間人の救援、保護がメインの二番隊。警備、自衛、応援とマルチに活動する三番隊。調査、研究を主に行う四番隊。そして組織内でも謎に包まれ、選ばれた志願者のみが所属するスフィア討伐に特化した零番隊。 人類最後の希望である零番隊、これはそこに所属する少年の、人類の未来をかけた戦いの物語である。