百年前に一度目の浄化が発生した。これは人間側では世界の人口が大幅に減るような大戦争として発生している。八十年前に二度目の浄化が発生。こちらは未曽有の天災として人間を襲った。生存する人間たちが集まって、巨大な都市にて彼らは生活するようになった。三度目は起こっていない。だが着実に世界は終末に近付いている。都市に住まう少女、弥勒院乃蒼は空白の記憶と自身が持っている特殊な両目を理由に面倒事に巻き込まれがちだ。これは人が終末に抗うと同時に彼女の選択を迫る物語でもある。