U.C.0096--ラプラス事変と呼ばれる、地球連邦軍とネオ・ジオン残党軍の衝突が終息へ向かうさなか、連邦・ジオンの区別なく任務を請け負う非公式傭兵部隊《アージェント・キール》に下された新たな任務は、連邦高官の暗殺。それは決して大きな作戦ではなかった。だがその仕事が、長く沈黙していたアージェント・キールの存在を揺るがし、幻影として隠されてきた真実を掘り起こしていく。