妖怪が蔓延る現代日本、陰陽師と言う妖怪と戦う者達が多く集まるこの日本。 　落ちこぼれ陰陽師である『九丈十夜（くじょうとうや）』は同僚達からバカにされながらランクの低い依頼を受けて日銭を稼ぐ日々。 　そんなある日明らかに難易度が低いのに報酬が高いと言う怪しげな依頼を彼は受けてさせられてしまう。そして廃村にやって来た十夜だったが、そこで彼は神社にガチガチに封印されている妖狐と出会う。 　興味本位で近寄った瞬間、彼の身体はなんとその妖狐と入れ替えられてしまった！ 　だがしかし封印は結構アッサリと破る事が出来、なってしまった物はしょうがないと彼女は人知れず妖怪と戦う『妖着巫女☆プリティ・ナイン』になる事にしたのだった！ 　そして彼女をお姉さまと呼んでくる謎の銀髪狐妖怪や、配信者やってる猫又等様々なクセの強い妖怪達に囲まれながら、『九丈久遠（クオン）』として日々を過ごすのであった……。