西暦2145年。 巨大都市ネオ・トーキョーでは、人間の感情エネルギー「レゾナンス」をAIが管理し、犯罪も争いもほとんど存在しない平和な社会が築かれていた。 だが高校生・朝霧レンは、その世界にずっと違和感を抱いていた。 誰もが同じ意見を持ち、同じ感情で笑う――まるで誰かに「調整」されているかのように。 ある日、街で起きた感情暴走事件をきっかけに、レンの中で未知の力が覚醒する。 それは、偽りの共鳴を破壊する力 「ノイズ共鳴」 やがてレンは知る。 この都市の平和は、政府が作り出した人工感情ネットワーク 「フェイク・レゾナンス」によって維持されていることを。 感情さえ管理された世界で、 「共鳴しない少年」の反逆が始まる。