文明が「大沈黙（ザ・サイレンス）」によって眠りについてから数世紀。 緑に飲み込まれた廃墟を彷徨う遺物漁りの青年・レトは、地下深くで一人の少女・シエルを目覚めさせる。 彼女は、失われた文明を再起動するための「最終プロトコル」そのものだった。 旧時代の兵器を操る軍事国家の追跡を逃れ、二人は遥か成層圏に浮かぶ方舟「スカイ・アーク」を目指す。 「管理された完璧な過去」か、「不自由で不完全な未来」か。 鋼の腕を持つ少年と、歌うことで奇跡を起こす少女が、世界の果てで見つけた「答え」とは――。