突如、皇居に出現した異界門。 異界よりもたらされた未知のエネルギー「魔素」の発見により、日本は唯一の異世界港と化した。三年に一度しか開かれない異界門。 人々は理想郷とされる異界への移住を夢見るようになる。 最初の異界門出現から二十四年後。 地球へ満ち始めた魔素により、抵抗力を持たない地球人への感染が発覚する。 適応できない人間は衰弱し、次々と死者が出始めた。 世界規模の大流行によって、社会はゆるやかに崩壊へと向かっていく。 食料を奪い合う過酷な生存競争の中、家族を失った少年は一人で生き延びていた。 そんな絶望の世界で彼が出会ったのは、魔素から生まれた存在――精霊。 弱き精霊との契約が、少年の運命を大きく変えていく。