フリーのプログラマー・朝霧遼は、ある日「現実のバグ」を目撃する。 渋谷のスクランブル交差点で、まったく同じ顔と動きをする人間が3人同時に歩いていた——。 彼に宿った異能「デバッグ」は、異常現象（グリッチ）の因果関係を可視化し、ソースコードレベルで干渉できる力。 グリッチ対策機関「クロノス」の冷徹なエージェント・月城凛に監視されながら、遼は世界に次々と発生する異常の解決に乗り出す。 だが、彼がバグを直すたび、代償として「大切な記憶」が一つずつ消えてゆくのだった。 「この世界（システム）は限界（オーバーフロー）を迎えている」 なぜグリッチは発生するのか？ 世界を上書きしようとするテロリストの目的とは？ 論理と感情が激しく交差する、異能ミステリー。 すべてのエピソードに仕掛けがある——読み返すたびに、新しい発見を。