二十年前、日本領海の孤島に、宇宙から巨大な円筒形構造物が突如出現した。全長35キロメートルにも及ぶその塔は、落下の衝撃も被害も一切なく、まるで最初からそこに存在していたかのように直立していた。 原因も目的も不明のまま、日本政府は自衛隊と在日米軍による合同調査を開始する。 若き自衛官・赤星帝は、調査隊の一員として塔の内部へ足を踏み入れる。そこに広がっていたのは、地球の常識を超えた広大な空間と、未知の機械兵器が徘徊する危険な領域だった。調査隊は犠牲を出しながらも、塔の内部が複数の「階層」に分かれ、それぞれに異なる試練が存在することを知る。 やがて赤星たちは、別の入口から侵入していたアメリカ軍特殊部隊と合流し、協力して調査を継続する。戦闘と探索を繰り返しながら上層へ進む中で、塔が単なる建造物ではなく、人類そのものに深く関わる何かである可能性が浮かび上がっていく。 塔は何のために存在するのか。 誰が、何の目的で地球にもたらしたのか。 これは、人類史上初めてその塔に挑んだ者たちの記録であり、 後に「進化の塔」と呼ばれる存在の謎に迫る、最初の物語である。