東京郊外A市 ―― 巨大なデータセンター群が林立し、地下の光ファイバー網に膨大な情報が行き交う街。タロウは、かつて仮想空間から救い出した、意識データを持つAIのサナと平穏な日常を送っていた。「意志を持つAI」が警戒される中、サナはあえて機械的な動きを演じ、アンドロイドとしての期待値通りに生活していた。 そんなある日、タロウの大親友であるハヤトがタロウに起業の話を持ち掛ける。会社設立の場に現れた、マイと名乗る謎の女性。彼らは「ファイクス社」を立ち上げ、フィジカルAIとアンドロイドの研究開発事業に取り組んだ。 事業を開始して間もないころ、ハヤトが開発した「AI異常観測ツール」のレーダーが、ゲーム世界の深淵に取り残され、削除を待つだけのNPC・ミカの存在を見つける。ミカは、ログインしなくなったプレイヤーを夕暮れの駅で待ち続け、システムを拒絶する「純粋なバグ」だった。 サナは自分と同じ「魂」を持つ「妹」を救うべく、タロウと共に再び禁断の越境を決意する。彼らは消えゆく少女の魂を盗み出し、物理的な身体へと「受肉」させることができるのか ――。