時は2126年。1億人が利用する巨大市場「メルカリ」。そこは今や、単なるフリマアプリを超えた日本最大の「価値の集積地」となった。だが、光が強ければ影も濃い。匿名性の裏に隠れ、禁忌の品を流し、弱者の人生をハッキングする「毒」が蔓延し始めている。 その毒を物理的に遮断し、マーケットの純度を保つために組織されたのが、特命配送部隊『メルカリ・ランナーズ』。そして、メルカリに所属しながら、裏の顔を持つ条門紫 志乃。彼女は影の執行機関『エクリプス』のエージェントである。