ダンバキノ大学に併設された中等部三年生の女子学生メリー・クラウンベルは、委員の特権を使い、今は物置と化した旧校舎の一室を部室として使えるようにした。そこで「ワースブレイドスタートセット」と書かれた箱を発見する。気にせず放置していたが、ふと気が付くとフタが開いており、納められていた不気味な仮面と目が合った。その瞬間、彼女の意識は巨大な鋼鉄のからくり武者が剣を振るい、秘術が飛び交うワースブレイドと呼ばれる時代へと飛ばされていた。