時は明和、江戸。人々が「呪い」や「祟り」を信じていた時代。 長崎・出島でオランダ人の父から「解剖学」と「化学」を叩き込まれた少女・橘花は、江戸で不可解な死を遂げた父の謎を追っていた。 「死体は、嘘をつかない」 男装し、薬種問屋の丁稚・菊之助として潜伏する彼女の武器は、異国の知識（サイエンス）と、死の匂いを視覚化する「異能の鼻」。 隅田川に浮かぶ青い指の死体、密室で燃える侍、夜毎に消える記憶――。 幕府の密偵でありながら、ある「医学的弱点」を持つ美貌の旗本・白河透吾と手を組み、橘花は江戸の闇を科学のメスで切り裂いていく。 これは、時代を先取りしすぎた少女が、世界を「呪い」から「証明」へと塗り替える物語。