第三次世界大戦で人類の半数が失われ、サイボーグが禁忌となった世界。ナノスキンをはじめとする高度技術が日常化した社会で、レオンは憧れの大学生活を始めるが、同級生のまりあに振り回され歌舞伎町へ向かった夜、爆破事件に巻き込まれる。 　瀕死となった彼は鳳凰重工業により脳だけを摘出され、義体へ移植されてサイボーグとして蘇生する。背後では、七か国が全人類を統合管理する神性知能の主導権を巡り暗闘を繰り広げていた。暗闘に利用されることを拒むレオンは脱走し、戦闘能力と水を操る力に目覚める。 　彼を救ったのは、同じくサイボーグであり堕天使を名乗るまりあだった。幼少期に家族を奪われた彼女は、国家や企業の思惑に抗い、みんなの日常を守るための組織「まりあ軍団」を率いている。葛藤の末、レオンは自らの平穏だけでなく他者のかけがえのない日常を守るため、まりあと共に神性知能を巡る戦いへ身を投じる決意を固め、爆破から生還した学生として大学生活を続ける。 　だが大学では奥寺教授が講義中に襲撃される事件が発生する。レオンとまりあはとっさに介入して教授を守り、エリクシールという完全回復薬の存在が明らかになる。普段から大量の食料を消費するサイボーグにとって、エリクシールの存在は飲むだけで戦力を回復できるため機動性を大幅に向上させることのできる薬だった。七か国と少しでも有利に戦いを進めるため、レオンは奥寺教授をアジトに監禁、まりあはエリクシールが保管されている研究室に急行する。 　研究室ではエリクシールを狙うまりあ、セレーネ、早川が三つ巴の戦いになる。レオンが応援に戻ってきたとき、まりあと早川はセレーネに操られていた。レオンとまりあは満身創痍で死線を潜り抜けたが、そこに歌舞伎町の爆破事件の犯人であるバーナードが現れる。レオンとまりあはさらに追い詰められるが、エリクシールで復活したまりあはバーナードに必殺技を浴びせて倒した。