世界は、一つの時間でできていない。 北の山脈は「まだ戦争が起きていない過去」。 南の平原は「戦争が終わったあとの未来」。 中央の都市は「今より十年前」のまま止まっている。 異なる時代が帯のように大地を走り、ぶつかり合い、 その境目には“時層柱（クロノ・スパイン）”と呼ばれる巨柱がそびえる世界── 時層世界《クロノシア》。 時層ギルド見習いの少年・一ノ瀬 瞬は、 小さな依頼をこなしながら、崩れかけた時層を補修して暮らしていた。 自分だけが「世界の時間のズレ」に敏感すぎることを、 ただの体質だと思い込んで。 ある日、未来の戦場から来たという少女兵フィアが現れ、 「あなたは、世界を統合できる“鍵”だ」と告げる。 同時に、時層事件の裏では 仮面の時間犯罪者《ノワール》が暗躍しはじめる。 王国、産業国家、時霊種の郷、宗教勢力、時政院── 「過去を守る者」「未来を変えたい者」「時間そのものから降りたい者」、 それぞれの思惑が、ひとりの少年に向かって交錯していく。 やがて瞬は知る。 ノワールの正体が、「別の時間線で世界を救い損ねた未来の自分」であることを。 すべての時層を一本の時間に統合するのか。 それとも、歪んだままの世界を守るのか。 どちらを選んでも、救えない誰かがいる。 過去をやり直したい人々の願いも、 滅びの未来から逃げたい人々の叫びも、 未来の自分の後悔さえも── ぜんぶ抱えたうえで、 瞬は「今、この世界をどうするか」を選ばなければならない。 時間が裂けた世界を旅しながら、 過去・現在・未来の自分たちに決着をつける、