時は1987年。極東の島国ホウライは混乱に陥っていた。最新の装備満載の空母『荒覇(あらは)』が軍の管理下を離れ単独で行動を始めたのだと言う。 海軍航空隊のパイロット『ニシイ・ワタル』はこれを止めるべく出撃するが、『荒覇』の艦載機に撃墜されてしまう。 しかし、目覚めた時、彼は『荒覇』の医務室で寝かされ、そこにはなんとホウライの皇女『イヨ』がいた。 水面下に起こる陰謀と軍のクーデター。ホウライの皇室にまつわる不思議な力。四十年来に溜まった憎しみと恨み。イージス航空母艦『荒覇』から飛び立ち、蒼天を舞う亡霊(ファントム)がすべての謎を白日の下に引きずり出す。