数年前、地球規模の大災害を利用した武装組織の軍事蜂起により、人類は絶滅間際まで追い込まれた。しかし、とある人物の働きで人類は首の皮一枚のところで存続する事になる。 　主人公は、絶滅騒ぎ後の大量のアンドロイドで再現された東京で暮らす、ちょっと遅めの高校生(成人済み)。同級生と上手く付き合いながら、本来体験していたはずの学生生活を数年越しで謳歌していました。 　しかしそれは仮の姿、彼こそが謎の人型兵器を駆使し、人類を根絶やしにしようとした武装組織の首魁を討ち果たした英雄その人だったのです。 　彼は学生に扮しながら、公的権力と私的戦力を行使する事で再現東京全体に防衛網を形成し、幼馴染みとして傍に置いていたアンドロイド、白兎(最近、自我が芽生えつつある)に隠しているとある遺物を守り続けていました。 　それは、主人公の無二の友にして、人類絶滅の原因を作った紺野蒼の脳ミソでした。破格の天才であった蒼の脳は人類の未来に不可欠なはず、主人公は世界を亡ぼした蒼に憤りを覚えながらも、かつて心を許した存在が目覚めるのを待っていたのです。 　しかしそんな時、アンドロイドの頭部ばかりを破壊する通り魔が出現し、主人公は蒼の脳を守るべく奔走していきます。 　絶大な身体能力を誇る通り魔と別口で発生したテロ計画に翻弄されながらも、遂に主人公は全ての背後で暗躍していた武装組織の残党まで辿り着くのでした。 　死闘の末、残党を打ち破った主人公でしたが、脳を保持していたアンドロイド(白兎)が損傷を受け、昏睡状態に陥ってしまいます。機械的には正常なのに、まったく起動する気配の無い白兎。主人公はこれが蒼が目覚める兆候だと確信し、その時を待ちます。 　そして遂に、白兎の身体を利用し、蒼は意識を取り戻しました。彼女は挨拶もそこそこに、これから起こりうる人類の危機について語り、それに対処したいなら急ぐ様に嘯きます。 　全ては、動き出したばかりなのだと。