2025年の東京。男子高生ルイは、触れるだけでハッキングできる能力《ハック》を操り、自身をデジタル化させ電脳世界へ入る事も可能。 　ある日、幼馴染と談笑していたところ、サイバーテロにより生徒たちが次々と意識を失う。ルイは原因を探るため電脳世界へ入るが、そこで人型のコンピュータウイルスと遭遇。逃走を試みるも、何故か現実空間に戻れない。成す術無く襲われ、意識が途切れた。 　しばらく経ち目を覚ますと、ルイはデジタル化の状態で現実空間に戻っていた。そして幼馴染が意識不明であることを知る。 　デジタルの体では他人と干渉できず途方に暮れる中、同じくデジタルの体とハック能力を持つ少女、シエルと出会う。 　ルイは事の経緯を話すと、シエルからスーパースカラというハック能力を劇的に向上させる存在を聞く。それにより人体にハッキングし、意識を取り戻す事も、生身の体に戻る事も可能になると言う。シエルは失踪した姉を探すため、スーパースカラを追っている。 　失ったものを取り戻すため、スーパースカラを探す二人の旅が始まる。 　後に、ルイの体は最初に対峙したウイルスと混ざっていた事が判明。そのウイルスこそ、変異した姉だった。 　一連の黒幕との激闘の末勝利し、スーパースカラの正体が《自身のハック能力を全て犠牲に、一度だけ能力の限界を超える技術》だと知る。 　友を救うか、失った体を取り戻すかの二択を迫られるも、ルイは迷わず友を選ぶ。 　スーパースカラにより友の意識は回復したが、ルイはハック能力を失い、二度と生身の体に戻れなくなる。 　しかし、道は残されていた。シエルはスーパースカラによって、姉を取り戻す事よりルイを生身の体に戻す事を選んだ。 　体が戻るにつれ、少女の姿が薄れていく。ハック能力を失ったルイに、デジタルである少女を認識する事は出来ない。 　ありがとう。その一言を最後に、少女の姿は見えなくなった。