高度なナノマシン管理システム「調律」によって、全市民の感情と行動が「適格率《フィットネス》」として数値化される聖都・方舟《はこぶね》。ここでは、システムから零れ落ちた者や最適化を拒絶した者は「鬼」と呼ばれ、社会のバグとして排除される。 かつて検見局の執杖官として「鬼」を狩っていた久瀬倫太郎は、自身の内側に広がる「至誠の欠如」に耐えかね、自ら適格率を破棄し、電子の角を持つ鬼へと堕ちる。 彼は都市の最下層「泥の聖域」で、ガラクタの収集家・鴉羽闇や記憶の調和師・衣浦ら、多様な異形たちと出会う。完璧な「白」に塗りつぶされた世界で、泥にまみれた不純な「生」を肯定するための、百鬼夜行の反撃が始まる。