「正しい者はシステムに従い、健やかなる者はコードを信じる」 高度統治OS『バイブル』が管理する、完璧なまでに平穏な都市。 死の淵から生還し、その代償として脇腹に「樹木の剥がれた跡」のような奇妙な痣（あざ）を刻まれた青年・リュウは、世界の不純物を消去する執行官として、空虚な日々を送っていた。 彼の相棒は、施設の地下深層に幽閉された巨大な怪物・ジン。 人々から「掃除屋」と蔑まれる二人は、ある日、世界の「置換」が激化する中で、バイブルが決して語らない禁忌の光景を目の当たりにする。 この世界を覆う「正しい秩序」は、真実か、それとも巨大な偽りか。 リュウの痣が疼くとき、別世界の自分（ジン）との共鳴が、管理された世界の殻を突き破る――。 一度死んだ二人が、世界の「根源」に触れるための反逆が、ここから始まる。