異世界に転生したプログラマーのリクは、神の適性判定で最弱の職業「ノービス」を与えられる。
地球でのプログラミング経験が活きず、仲間から「役立たず」と追放された彼は、戦闘中に不思議なコンソールを発見する。
それは世界の「ソースコード」を編集できるスキル「コードエディット」だった。
バグのような現象を修正する力で、リクは徐々に強さを発揮。
ダンジョンで出会った異常な魔物や、村を荒らすゴブリンを倒し、グリーンヘイブン村の住民たちから信頼を得る。
村の再建を手伝う中、リクはかつての仲間リリィと再会。
彼女も追放され、傷ついていた。
共にスキルを使い、村を襲う魔獣を撃退するが、代償として周囲の生命力を吸うリスクに悩む。
そこへ魔王軍の幹部クラリスが逃げ込み、共闘。
クラリスは姉の仇を討つため、リクのスキルに興味を抱く。
仲間が増え、村は活気づくが、魔王ヴァルスの影が迫る。
ヴァルスは世界の秩序を乱す転生者・転移者を封印し、神に抗おうとする存在だった。
リクたちは魔王城へ向かい、かつての隊長レオンと対峙。
ヴァルスに洗脳されたレオンを救い、神域へ突入。
神域は転移者たちが封印されたクリスタルが浮かぶ空間。
そこでヴァルスの正体が明らかになる。
彼はリクの先輩、三浦一翔。
神の命令で転移者を封印し続け、孤独に耐えていた。
リクの力が世界をリブートできる鍵だと信じ、魔王を演じていたのだ。
最終決戦で、レオンが真の勇者として覚醒し、ヴァルスを倒す。
リクはコードエディットで世界のスキル・職業システムを解放。
転移者たちは元の世界へ帰還可能になる。
リクも地球へ戻る選択をし、仲間たちと別れを惜しむ。
クラリスとリリィの想いを受け、凌空として現代社会に復帰。
家族や仕事で新たな人生を歩むが、心には異世界の絆が刻まれ、希望を胸に生きる。