止まない雨に閉ざされたネオ・キョウト。企業の「部品」として生きる二人が、空を取り戻すための叛逆。 巨大企業イワサキ・エレクトロニクスの執行官であり、感情を殺した「掃除屋」のグラフ。彼は、企業が塗りつぶした過去の地図を復元することを密かな矜持としていた。 ある日、彼の前に現れたのは、都市の天候を制御するために生み出された規格外の実験体、ミラ。彼女が流す涙は雨となり、彼女の悲鳴は雷鳴となって街を震わせる。 追う者と逃げる者。アッパー・ティア（最上層）の冷徹な秩序の中で、二人の孤独な魂が交錯した時、塗りつぶされたはずの「世界の真実」が動き出す。