学園で突然“黒い渦”に呑まれたシャルナとルイトは、気づけば見知らぬ世界に立っていた。 そこは魔力の気配がまったく存在せず、建物は異様に高く、見たことのない乗り物が走り抜ける世界である。 後にそれが「日本」という国であると知るが、当初の2人には理解できるはずもなかった。 魔術が使えないはずの世界で、なぜかシャルナだけは水球を発動でき、ルイトは一切魔術が使えないという不可解な状況に陥る。 言語も通じず、魔力も補給できず、右も左も分からないまま彷徨う2人であったが、夕暮れの橋で姉妹と出会う。 その姉妹の名は 橋本麗奈（レナ） と 橋本麗香（レイカ） である。 レナは面倒見がよく、レイカは無邪気で明るい少女であり、異世界人である2人の事情を知らぬまま、レナはあっさりと「家に来ればいい」と言い、2人を自宅へ連れて帰ることになる。 こうして、シャルナとルイトの“現代日本での居候生活”が始まったのである。 • コンビニの冷気に驚き • 貨幣の仕組み • レナの募金 • レイカの無邪気さにシャルナがほだされる すべてが未知であり、すべてが事件である。 一方その頃、学園では2人が突然消えたことで大騒ぎとなっていた。 レオンは必死に奔走し、ヤミルはリミッターが外れたように血管を浮かせリアンにキレる、リアンはブラコンを全開にして叫び散らし、ミミルは呆れながらも「うるさいわ！」と思いつつ状況を見ている。 ラファエルは“ザ・見守り”の姿勢で冷静に状況を観察し、学園長は胃を押さえながら対応に追われ、シグルは「シャルナとバトルができない」と文句を言いながら、シャルナがいそうな場所を探し回っている。 学園は前代未聞の混乱に包まれていた。 魔術師が魔力のない世界でどう生きるのか。 どのような"呪いや書物、先祖の思い"があるのか。 そして学園側は2人を取り戻せるのか。 “Twin Mages in Japan！”は、そんな異世界転移の裏側で始まる物語である。