現世界と異世界、似て非なる２つの世界が存在する日本、関東地方。異世界から逃れてきた記憶喪失の少年、八代ミツキと、万象に宿る意志の具現化である"魂（ソウル）"のガイードは、世界安定化機関「スタビライザー」に入隊し、異世界に関する様々な事件に巻き込まれていく。2人はこの世界に何を見出していくのか。