異星人「モルヴァク」による最初の侵略の後、全人類は共産主義政府である『世界社会主義機構』の支配下に置かれた。共産主義者たちは残されたわずかな異星人の宇宙船を利用して火星を開拓し、そこを「赤い星（レッド・プラネット）」と名付けた。 その後まもなく、モルヴァクの支援を受ける共産主義政権と資本主義陣営との間で、地球規模の大内戦が勃発する。 この世界的な内戦は、正体不明の組織がモルヴァクの母船を乗っ取り「シャルルマーニュ」と名付けたことで、資本主義陣営の勝利に終わった。 敗北した共産主義者たちは火星へと逃亡。 一方、地球は複数の資本主義国家と宇宙開発国家によって再建された。 最初の侵略時、モルヴァクに連れ去られる妹を助けることができなかった少年、リュウ・センシャ。彼は現在、宇宙船の操縦士（パイロット）を育成する『東京宇宙高等学校』に通う高校生となっていた。 しかし、彼にはある重い秘密があった。それは、モルヴァクのエネルギーに触発されて覚醒した、人々の「意図」や「感情」を読み取る能力である――。