大異変によって閉ざされた異界、『九界』が発生して十年。記憶を失った犬頭の青年、ベオは七番目の階層都市、ニヴルヘイムで探偵として日々を生きていた。 神秘を現実にする『魔素』満ちるニヴルヘイムで、九界を実効支配する大企業『バルドル』と警備局からは睨まれつつも、時にメイガス、サイボーグ、魔素変異者を相手に荒事をこなしていたベオは、外界から訪れたという少女、アリスから高額の報酬を提示され人探しの依頼を受ける事になる。 初めは何時もの人探しと思われていた依頼は、問題の探し人が死体を買い集めていたという事実が発覚した後に急転し、やがてこの九界の辿る運命、『黄昏』に向かってベオの背を押し、速度を増していく。