世界中に迷宮――ダンジョンが出現してから数十年。 迷宮を管理する迷宮保安庁に勤めている佐々貴寧々（ささき ねね）は、ある日、上官から数年前に攻略されたダンジョンの調査を命じられる。 （治癒魔法しか使えない私が？） （しかも既に攻略されているダンジョンに？） と首をかしげながらも、上官が手配した用心棒の少女とダンジョンへ向かう。そこにいたのは何度倒しても復活を繰り返す謎の魔物・アンデッドだった。倒れる気配のないアンデッドに、寧々は「もしかして？」と治癒魔法を使ってみることに。するとアンデッドは光に包まれて消え去ったのだった。 「これは一体……？」 攻略されたダンジョンには魔物は出現しない。日本のダンジョンに何が起きているのか。 寧々はアンデッドの討伐＆事態の解明のため、用心棒の訳アリ少女と共に、2周目ダンジョン攻略をしていくことになる――。