中学2年生の田中 真奈（たなか・まな）は、友達の美沙（みさ）と季依（きい）といつも仲良し。3人には、悪いことをする人が現れたときだけ変身できる、秘密の力がある。 ある日、学校で「廊下を走る危ない人がいる」と注意が出される。真奈は気をつけようと思うが、休み時間に黒い服の男が猛スピードで走り回り、学校中が大騒ぎに。生徒たちもケガをしてしまい、原因不明のトラブルが続く。 放課後、真奈はその黒い服の男を見つけ、追いかけることに。そこで意外な正体を知ることになる。真奈は仲間とともに、ヒーロー「マモレンジャー」として立ち向かう。 学校の平和を守るため、3人は“ルールを守れなくなった存在”と戦うことになるのだった。