２０ＸＸ年、世界中がエネルギーと食料の危機的な不足に喘いでいる中、中国の台湾侵攻をきっかけに始まったアメリカと中国の戦争は、さらに事態を悪化させた。 とりわけ、それらの大半を輸入に頼っていた日本のダメージは大きく、日本政府はこの危機的な状況を打開するために、日本国民を半分ずつ半年交代で冬眠させる究極の省エネ制度「ハーフスリープ制」を導入した。 川村悠人と榊原 葵は、それぞれ、東日本と西日本の人工冬眠装置「コクーン」を管理するブルーエリアドリームセンターとレッドエリアドリームセンターの主任研究員である。 ところが、東西に分かれて住むふたりは覚醒している期間が異なるため、お互いのコミュニケーションをとる事ができない。そこでコクーンの副次的な機能を使ってお互いの夢を同期させて夢の中でコミュニケーションをとっていた。 半年ぶりの冬眠解除日になっても新潟県民が覚醒しないというトラブルを何とか切り抜けた川村だったが、今度は正体不明の脅迫者から「半年以内にハーフスリープ制の廃止と内閣総辞職を実現しなければ、西日本の国民を二度と冬眠から目覚めさせない」という脅迫文を突き付けられてしまう。脅迫文には「冬眠を繰り返した人間が牙をむく日は近い」という一文も書き添えてあったが、実はコクーンを開発した葵の父、故 榊原兵輔はコクーンの安全使用頻度はせいぜい２，３回で、度々冬眠と覚醒を繰り返せば一定の確率で凶暴化する人間が出てくると警告していた。しかし、利益を優先するコクーンの製造会社はこの事実を握りつぶし、コクーン使用が原因の殺人事件まで発生してしまうのだった。 一方、米中開戦によって在日アメリカ軍基地を国内に抱える日本は、中国からの核攻撃の恐怖に晒されていたが、中国の隣国Ｋ国内で権力闘争がもとで引き起こされた核爆発によって中国も大きな被害を受けて戦争継続が困難となり、在日アメリカ軍の撤退を条件に、中国軍の台湾撤退と米中戦争の停戦が実現したため最悪の事態は避けられていた。 川村は脅迫者から西日本の国民を守るために、海上保安庁の協力を得てレッドエリアドリームセンターのある沖縄に向かうが・・・