キサラギ研究所。そこは、人の心を兵器へと変える場所。 感情を欠落させ、ただ機械的な最適解のみを叩き出し続ける少年。 彼が操る次世代機『Ψ（プサイ）』は、敵を穿つたびに、少年の胸に眠る「記憶」を燃料として燃やしていく。 自らの存在を「証明」するために高く飛ぶ少女。 絆を信じ、破滅へと向かう三人の「調和」を願う青年。 そして、彼らを検体（サンプル）として冷徹に観察する科学者。 交錯する意志と、行き場のない怒り。 だが、少年が戦場で見つめるのは、ただ一つ。 ノーマルスーツの胸元に刻まれた、母からもらった不釣り合いな「スマイルマーク」だけ――。 「追憶」が閃光に変わる時、少年は何を見るのか。 閉ざされた研究所の奥底で、銀河の運命を左右する過酷な戦いが、いま幕を開ける。