時は30xx年、ある一定以上の激しい感情を抱くと砂化する世界。 砂化する世界には、思念エネルギーという物質が存在し、その塊は思念獣という世界に災厄と最悪をもたらす化け物になる。 『Z機関』シェパード部隊所属S級ハンターのカイン(シェパード1)は、人類を襲い、畏れられ数千年を生きる"最悪の思念獣"の討伐作戦に参加し、仲間と戦っていた。 しかし、寸前のところで逃がしてしまう。 戦いによって砂化しかけたカインは、突如現れたジョンタイターによって助けられる。 ジョンタイターに世界を救って欲しいと頼まれ、世界を救う為にタイムリープを決意する。 そうして、カインの長いタイムリープの旅が始まる____