近未来の「電脳洛中キョウト」は、超国家意志ＡＩ「ＳＥＩ－ＳＨＯＮＡＧＯＮ」により、国民の脳内チップを制御し、不快な感情を「ラブコメ的ハプニング」へ変換して精神を安定させる、完璧に最適化された都市である。 主人公・蒼井迅は、過去の事件で脳内チップが故障しており、周囲が「冠位十二色」の美しいホログラムで彩られる中、独りだけ錆びた鉄板を爪で立てるような電子音と、シリコンの焦げた匂い、そして血の味のする現実に苛まれていた。 ある日、迅は学校の踊り場で転校生・雷火と出会う。彼女は伝説のハッカーが遺した「禁忌のプログラム」であり、感情が高ぶると右顔面に般若のノイズが重なる異形の少女だった。彼女は迅に「生八つ橋」を差し出す。それは暴走する脳を冷却するための「ノイズ」だった。迅は雷火との接触を通じ、自分たちが享受している幸福が、実は個人の自由を奪う「精神の檻」であることを確信し、彼女と共にシステムの破壊を決意する。 二人は、幕末の志士たちの「未練」がデータの塵として残留する「池田屋」跡地を拠点にし、管理組織の猟犬・鷹取颯の猛追をかわす。鷹取は、かつてシステムに恋人を消去された過去を整理された冷徹な執行官だが、迅たちの「熱」に触れることで、自らの抹消された記憶を取り戻し始める。 迅と雷火は、京都からさらに古い地層が眠る奈良へと逃亡する。東大寺の大仏殿は、日本全土のログを冷却する巨大な放熱板（ヒートシンク）であり、その深層こそがシステムの「ルート・ディレクトリ」だった。迅は父が遺したデバイス「独鈷杵」を大仏の中枢に突き刺し、雷火を連れて日本の根源的な量子サーバーが眠る明日香・石舞台へと向かう。 システムは「不純物（迅と雷火）」を消去するため、奈良セクター全域の物理的な初期化（フォーマット）を開始する。瓦解する世界の中で、鷹取は二人をデリートする任務を放棄し、自らを犠牲にして二人をサーバーの深層へと逃がす。石舞台の巨石が放つ圧倒的な重力の中、迅と雷火はシステムの「壁紙」を完全に剥ぎ取り、真実の色彩 ─── 残酷だが美しい「痛み」に満ちた世界を解放する。 物語は、記録から消去された二人が、誰の台本でもない「本物の生」を歩み始めるシーンで幕を閉じる。それは、最適化という名の死を拒絶し、血の味のする恋を愛し抜くための、新しい神話の始まりであった。