【導入：檻の日常】 舞台は、巨大なドームに覆われた積層型管理都市「エデン」。そこでは人類は「在庫品（生体部品）」と呼ばれ、肉体には筋力制限（リミッター）が、脳内にはナノマシンによる強制的な「幸福の同調（シンクロ）」が課せられていた。 主人公・カイトは、3日前の崩落事故で、瓦礫の下にいた少女・ミーナにあと「12ミリ」手が届かず、彼女を救えなかった。その絶望を「幸福」へ変換しようとするシステムに激しい怒りを抱く彼は、謎の老兵から「生物であることをやめる」ための違法チップ「第2のゲノム」を託される。