合歴百年。 未知の金属生命体マムの侵略を受けていた人類は、人型機動兵器の防人を駆使して対抗していた。 浜松市内にある日本陸軍が創立した高校に通う小野塚友成は転生者であり、付喪神が見える事を周囲に隠して生きていた。 前世での友成もまた付喪神と共に生きており、現世では一柱の付喪神を探していた。 友成は血の繋がらない榊花那という女性を実の姉のように慕っていた。花那は現役の陸軍の防人操縦士でもある。 友成はある日、高校の校外授業で防人の博物館に出掛けた。 そこで相棒である、ハーモニカの付喪神のテンから、展示されている二七式防人が付喪神になりそうであるとの報告を受けた。 五月の連休に入ったのを期に友成は、テンを連れて博物館に通い始める。 そんなある日友成は、花那と一緒に博物館を訪れるもそこでマムの襲撃に遭遇し、花那が負傷してしまう。 そこに女の子の姿で目覚めたニ七式の付喪神が、二人の窮地に駆けつける。 迫りくるマムの大群を前に友成は、花那を守るべく、彼女とテンと共にニ七式防人に乗って戦う事を選択する。 最初はうまく噛み合わず。また近接戦闘しか出来ないという制約があったものの、三人のチームワークと神通力の力で初戦を無事に切り抜けた。 その後友成は、彼女を美咲と名付ける。 近年、強力になりつつあるマムの脅威に陸軍はニ七式の力が必要だと、友成と美咲とテンに打診。 後日、友成の軍属が決定する。 友成とテンはある日、二人きりで外出するもその途中でテンだけがマムの襲撃を受けた。 ハーモニカの一部を残してテンはマムに捕食されてしまう。 一命は取り留めたが、テンは長い眠りについた。 同時にマムの大群が上陸。 友成は急いで美咲と駐屯地で合流し、戦場へ向かう。 前回と同じような戦いで敵を攻撃する二人だが、敵方にも神通力を使う個体が出現する。 激戦の末、新しい神通力の術、心繋で勝利を収めた。 その後二人はテンの事を思い、操縦席で泣き合うのだった。