2145年、世界各地に天を貫く柱が聳え立った。 国際オベリスク調査機関――通称IOIAは柱の名称をバベル・オベリスクとし、観測と調査を行っている。 ある事情から年齢に満たないまま三等派遣兵となった甘樂キユウは、GEARに適合する【適合者】でありながらも、GEARを変形させられない【不適格者】であった。 ある日、キユウを含め派遣兵に指令が下る。バベル・オベリスク２４１号を調査し、活性化前に停止させよと。 それは単純な任務のはずだった。――モグラが、現れるまでは。